III период – од 13. мартa 1946. године до 23. мартa 1955. године
Тринаестог марта 1946. године укинут је III одсек Озне и од њега је формирана Контраобавештајна служба (КОС), као самостална служба, постављена у војној организацији, чији су задаци били контраобавештајна заштита Југословенске армије (ЈА) од обавештајно-субверзивне делатности, спречавање деловања страних обавештајних служби према ЈА, али и предузимање превентивних безбедносних мера у јединицама. Од формирања КОС-а, њиме је руководио помоћник министра за народну одбрану.
Директивом помоћника министра за народну одбрану од 29. маја 1946. године, официри КОС-а су добили право хапшења и ислеђивања лица која су осумњичена за „шпијунажу, саботажу, диверзију, тероризам, непријатељску агитацију и пропаганду, бандитизам и кривична дела која су управљена против државе, народа и појединаца“.
Контраобавештајна служба је више пута реорганизована, у складу са променама организације Југословенске армије. У оквиру реорганизације војске крајем 1947. и почетком 1948. године, 1. марта 1948. Управа КОС-а ушла је у састав Генералштаба Југословенске армије, као XII управа Генералштаба. Исте године, пратећи развој војне привреде, формирано и Одељење КОС-а за војну индустрију и бродоградњу.
Истовремено са контраобавештајним радом, КОС је организовао специјалне курсеве за школовање својих припадника. Почетком априла 1950. године почела је са радом Школа КОС-а Министарства за народну одбрану, у којој је школовање трајало годину дана. У јуну 1952. године основана је Школа резервних официра КОС-а, која је трајала два месеца. Након тога, 17. новембра 1955. године, основан је и Школски центар безбедности у Панчеву, који је у свом саставу имао Школу безбедности и Школу војне полиције. Од 28. фебруара 2009. године, та специјализована установа функционише под називом Центар за усавршавање кадрова Војнобезбедносне агенције.
Директивом помоћника министра за народну одбрану од 29. маја 1946. године, официри КОС-а су добили право хапшења и ислеђивања лица која су осумњичена за „шпијунажу, саботажу, диверзију, тероризам, непријатељску агитацију и пропаганду, бандитизам и кривична дела која су управљена против државе, народа и појединаца“.
Контраобавештајна служба је више пута реорганизована, у складу са променама организације Југословенске армије. У оквиру реорганизације војске крајем 1947. и почетком 1948. године, 1. марта 1948. Управа КОС-а ушла је у састав Генералштаба Југословенске армије, као XII управа Генералштаба. Исте године, пратећи развој војне привреде, формирано и Одељење КОС-а за војну индустрију и бродоградњу.
Истовремено са контраобавештајним радом, КОС је организовао специјалне курсеве за школовање својих припадника. Почетком априла 1950. године почела је са радом Школа КОС-а Министарства за народну одбрану, у којој је школовање трајало годину дана. У јуну 1952. године основана је Школа резервних официра КОС-а, која је трајала два месеца. Након тога, 17. новембра 1955. године, основан је и Школски центар безбедности у Панчеву, који је у свом саставу имао Школу безбедности и Школу војне полиције. Од 28. фебруара 2009. године, та специјализована установа функционише под називом Центар за усавршавање кадрова Војнобезбедносне агенције.
