V период – од 2. јула 2002. године до 1. јануара 2004. године
На основу Закона о службама безбедности Савезне Републике Југославије од 2. јула 2002. године, Органи безбедности су преименовани у Војну службу безбедности, која је измештена из Генералштаба у Министарство одбране.
Војна служба безбедности била је надлежна за: откривање, праћење, спречавање, сузбијање и пресецање обавештајне и друге делатности страних служби, организација и лица, унутрашњи међународни тероризам и субверзивне активности усмерених против Војске Југославије и савезног министарства надлежног за послове одбране, као и за откривање, истраживање и документовање кривичних дела против уставног уређења и безбедности СРЈ, против човечности и међународног права и најтежих кривичних дела са елементима организованог криминала.
У оквиру своје надлежности, Војна служба безбедности била је задужена за: безбедносну и контраобавештајну заштиту команди, јединица и установа Војске Југославије и савезног министарства надлежног за послове одбране; контраобавештајну заштиту највиших војних и руководилаца савезног министарства надлежног за послове одбране; организовање и вршење превентивног безбедносног рада у командама, јединицама и установама Војске Југославије; примену и контролу примене мера заштите података који представљају државну, службену или војну тајну у Војсци Југославије и савезном министарству надлежном за послове одбране; вршење безбедносних провера лица за пријем на рад и распоређивање на одређене дужности у Војсци Југославије и савезном министарству надлежном за послове одбране, као и за друге послове и задатке.
Доношењем Закона о службама безбедности СРЈ, створени су услови за почетак суштинских реформи Војне службе безбедности.
Примена посебних поступака и мера којима се привремено одступа од Уставом загарантованих људских права и слобода дозвољена је само на основу одлуке суда. Примену посебних поступака и мера до тада је одобравао министар одбране за лица запослена у Министарству одбране, а начелник Генералштаба за припаднике Војске.
Војна служба безбедности измештена је из Генералштаба у Министарство одбране и потчињена министру одбране. Током свог развоја после Другог светског рата, служба безбедности је у више наврата измештана из Генералштаба у Министарство одбране и обрнуто. До 1955. године, Контраобавештајна служба је била у саставу Генералштаба Југословенске армије, када је, као Управа безбедности, прешла у састав Државног секретаријата за народну одбрану (ДСНО). Када је формирана Војска Југославије, 1992. године, Управа безбедности је измештена у Генералштаб Војске Југославије, у чијем саставу је била до доношења овог закона.
Уведени су механизми демократске и цивилне контроле служби безбедности. Законом је уређено да Савезна скупштина образује Комисију за контролу служби безбедности по паритетном принципу, задужену за контролу уставности и законитости рада служби безбедности, усклађености рада служби са политиком и стратегијом националне безбедности, за контролу поштовања људских права и слобода у раду служби, поштовања политичке, интересне и идеолошке неутралности у раду служби, за контролу примене посебних средстава и метода за прикупљање података, законитости трошења буџетских и других средстава за рад служби, као и за разматрање и усвајање извештаја о раду служби безбедности, предлога закона и других прописа и општих аката из надлежности служби безбедности. Осим тога, законом је уређено да унутрашњу контролу припадника службе врши генерални инспектор, као орган Савезне владе.
Раздвојене су војнополицијска и контраобавештајна функција, на основу чега су формиране Војнобезбедносна агенција, као организацијска целина Министарства одбране, и Одељење Војне полиције, као организацијска целина Генералштаба Војске Југославије.
