III период – од 13. мартa 1946. године до 23. мартa 1955. године
Тринаестог марта 1946. године укинут је III одсек Озне и од њега је формирана Контраобавештајна служба (КОС), као самостална служба, постављена у војној организацији, чији су задаци били контраобавештајна заштита Југословенске армије (ЈА) од обавештајно-субверзивне делатности, спречавање деловања страних обавештајних служби према ЈА, али и предузимање превентивних безбедносних мера у јединицама. Од формирања КОС-а, њиме је руководио помоћник министра за народну одбрану.
Директивом помоћника министра за народну одбрану од 29. маја 1946. године, официри КОС-а су добили право хапшења и ислеђивања лица која су осумњичена за „шпијунажу, саботажу, диверзију, тероризам, непријатељску агитацију и пропаганду, бандитизам и кривична дела која су управљена против државе, народа и појединаца“.
Контраобавештајна служба је више пута реорганизована, у складу са променама организације Југословенске армије. У оквиру реорганизације војске крајем 1947. и почетком 1948. године, 1. марта 1948. Управа КОС-а ушла је у састав Генералштаба Југословенске армије, као XII управа Генералштаба. Исте године, пратећи развој војне привреде, формирано и Одељење КОС-а за војну индустрију и бродоградњу.
Истовремено са контраобавештајним радом, КОС је организовао специјалне курсеве за школовање својих припадника. Почетком априла 1950. године почела је са радом Школа КОС-а Министарства за народну одбрану, у којој је школовање трајало годину дана. У јуну 1952. године основана је Школа резервних официра КОС-а, која је трајала два месеца. Након тога, 17. новембра 1955. године, основан је и Школски центар безбедности у Панчеву, који је у свом саставу имао Школу безбедности и Школу војне полиције. Од 28. фебруара 2009. године, та специјализована установа функционише под називом Центар за усавршавање кадрова Војнобезбедносне агенције.
