II период – од 1941. године до 13. марта 1946. године
За време Другог светског рата, у мају 1942, Врховни штаб Народноослободилачке војске и партизанских одреда (НОВ и ПО) издаје прво Упутство о организацији обавештајне и контраобавештајне службе у партизанским јединицама. До Другог заседања АВНОЈ-а деловале су Обавештајна служба НОВ и ПО, која је обављала послове обавештајне и контраобавештајне службе, и Служба безбедности, која је штитила ослобођене територије од деловања агентуре окупатора.
Доношењем Упутства о организационој структури и основним задацима обевштајне службе на ослобођеној и неослобођеној територији, 27. новембра 1942. године, инаугурисана је обједињена обавештајна и контраобавештајна служба. Будући да се бавила обавештајно-безбедносним пословима, та служба је била подељена у два одсека: одсек за обавештавање и одсек за контрашпијунажу, који је био намењен за заштиту партизанских јединица, борбу против пете колоне, непријатељеве пропаганде и разбијање његових шифри.
Након Другог заседања АВНОЈ-а, у априлу 1943. године, основана је и Комисија за борбу против пете колоне и тероризма, чијом је реорганизацијом, у септембру исте године, основан Одсек за заштиту народа. Тада су контраобавештајни послови прешли у надлежност Озне, чији је задатак била контраобавештајна заштита слободне територије и партизанских јединица.
Од Одсека за заштиту народа, 13. маја 1944. године, основано је Одељење за заштиту народа (ОЗНА), као јединствена, централизована организација безбедности са заједничком организационом структуром и методама рада. Деловала је на целокупној територији Југославије. Најпре се бавила прикупљањем обавештајних података за потребе оперативних јединица, а касније се све више окретала борби против шпијунаже.
Одлуком Националног комитета ослобођења Југославије (НКОЈ), 15. августа 1944. године формиран је Корпус народне одбране Југославије (КНОЈ), који је био потчињен поверенику за народну одбрану, који је њиме руководио посредством начелника Озне. Од августа 1944. до јануара 1953. године, КНОЈ је био извршни орган Озне.
На основу Наредбе Врховног штаба од 1. марта 1945. године и Упутства Одељења за заштиту народа Министарства народне одбране Демократске Федеративне Југославије од 24. марта 1945. године, одређени су организацијска структура, формацијски састав и задаци Озне. Озна је имала структуру од шест одсека. Задатак II одсека Озне била је контраобавештајна заштита ослобођене територије и борба против унутрашњег непријатеља, док је III одсек Озне био задужен за супротстављање „непријатељским елементима, шпијунима и диверзантима убаченим у НОВ и ПОЈ“, односно контраобавештајну заштиту оружаних снага Народноослободилачког покрета.
Проглашењем Федеративне Народне Републике Југославије (ФНРЈ), 2. новембра 1945. године, и доношењем Устава ФНРЈ, 31. јануара 1946. године, Озна је реорганизована и од ње је формирана Управа државне безбедности (УДБ), која је до 1952. године имала војну формацију и структуру.
